Represje
Tymczasem w Poznaniu nazajutrz po pożarze rozpoczęły się aresztowania i brutalne przesłuchania zatrudnionych w porcie rzecznym Polaków, w sumie ok. 60 osób. Dochodzenie prowadziła niemiecka policja kryminalna. Decydująca w sprawie wydawała się opinia biegłych z Techniczno-Kryminalistycznego Instytutu Policji Bezpieczeństwa przy Urzędzie Policji Kryminalnej Rzeszy (Kriminaltechnischen Institut der Sicherheitspolizei beim Reichskriminalpolizeiamt) w Berlinie, sporządzona w dniu 27 lutego 1942r. Zgodnie z nią przyczyną pożaru było zwarcie przestarzałej instalacji elektrycznej. Katastrofalne rozmiary pożaru przypisano faktowi gęstej, drewnianej zabudowy oraz zmagazynowaniu dużej ilości łatwopalnych materiałów (np. opon, mebli itp.) Nikt z zatrzymanych nie przyznał się do winy i po kilku dniach wszyscy zostali zwolnieni.
Taki obrót sprawy nie usatysfakcjonował jednak funkcjonariuszy poznańskiej placówki Gestapo, którzy podjęli własne dochodzenie. Dekonspiracja w szeregach ZO, spowodowana także przez konfidentów Polaków, rozpoczęła się wiosną 1942 r. Masowe aresztowania objęły wówczas 175 żołnierzy w Poznaniu i Gnieźnie. M.in. Gestapo ujęło por. Tadeusza Janowskiego, dr Franciszka Witaszka, por. Zenona Plucińskiego.
24 października 1942 r. został aresztowany st. sierż. Michał Garczyk. Pozostali uczestnicy akcji zostali aresztowani 25 i 26 maja 1943 r. Do zakończenia śledztwa (28 lipca) przetrzymywani byli w Forcie VII (więzienie niemieckiej policji bezpieczeństwa), a następnie w więzieniu przy ul. Młyńskiej (Stammlager Posen). Wszyscy aresztowani przeszli okrutne śledztwo w siedzibie poznańskiego Gestapo w Domu Żołnierza. W przesłuchania zaangażowanych było siedmiu funkcjonariuszy: nadsekretarze kryminalni SS-Unterstrumfuehrer Draber i SS-Unterstrumfuehrer Petri, sekretarze kryminalni SS-Unterstrumfuehrer Holbe i SS-Unterstrumfuehrer Doerflein, nadasystenci kryminalni SS-Hauptscharfuehrer Meissner i SS-Hauptscharfuehrer Zeiske oraz asystent kryminalny SS-Oberscharfuehrer Scholl. W Forcie VII zmarł po przywiezieniu z przesłuchania skatowany chor. Stanisław Kwaśniewski. W czasie jednego z przesłuchań został 26 czerwca zamordowany Antoni Gąsiorowski, który katowany, mając skrępowane ręce, rzucił się do gardła prowadzącego przesłuchanie gestapowca, poważnie go raniąc. Postawa okrutnie pobitego Garczyka podczas konfrontacji z Piątkowskim w czerwcu 1943 r. spowodowała, że tego ostatniego nie włączono do sprawy podpalenia magazynów w porcie rzecznym, choć nie uniknął zesłania do obozu koncentracyjnego. Rodziny aresztowanych, zanoszące im paczki do Fortu VII, otrzymywały do prania brudną, pokrwawioną i rozdartą bieliznę i ubrania swoich bliskich. O męstwie żołnierzy ZO wykazanym w śledztwie świadczy też treść pisma Wyższego Dowódcy SS i Policji w Kraju Warty SS-Obergruppenfuehrera Wilhelm Koppe do namiestnika Greisera z 28 lipca 1943 r.: "Nie można im było jednak dowieść popełnienia czynu, gdyż nie istniały wystarczające dowody. Obwinieni jeszcze dzisiaj nie przyznają się do członkowstwa w polskim ruchu oporu."