Bracia Mniejsi Konwentualni przybyli do Poznania w I połowie XVII w.
Bracia Mniejsi Konwentualni przybyli do Poznania w I połowie XVII w. W 1646 r. wybudowali drewniany kościół i klasztor przy Grobli, a gdy te po 10 latach spłonęły - objęli kościół św. Rocha. W 1668 r. uzyskali zgodę na osiedlenie się wewnątrz murów miejskich.
Budowę kościoła na Górze Przemysła rozpoczęto w 1674 r. W 1704 r. świątynia została poważnie zniszczona w czasie oblężenia miasta. Ostatecznie budowę zakończono w 1757 r. Przylegający do świątyni klasztor powstał na przełomie XVII i XVIII w. Po zamknięciu klasztoru w 1832 r. władze pruskie przekazały kościół katolikom niemieckim. Franciszkanie wrócili do dawnej siedziby w 1921 r. W czasie II wojny światowej kościół służył katolikom niemieckim. Podczas walk w 1945 r. zawaliło się sklepienie nawy głównej, niszcząc część wyposażenia. Świątynia została odbudowana jako pierwszy kościół w Poznaniu, wnętrze odrestaurowano w latach 1963-65. Odnowiono wówczas zamalowaną w poprzednim okresie pierwotną polichromię.
Dzisiejszy kościół p.w. św. Antoniego Padewskiego jest trójnawową bazyliką z transeptem. Nawa główna przykryta jest sklepieniem kolebkowym z lunetami, podczas gdy nawy boczne przykrywają sklepienia krzyżowe. We wnętrzu kościoła zwraca uwagę bogate zdobienie stiukowe oraz polichromie wykonane w latach 1702-35. Architektoniczny, bogato złocony ołtarz główny w centralnej części dolnej kondygnacji zawiera obraz "Widzenie św. Antoniego", po bokach którego znajdują się rzeźby przedstawiające św. Augustyna i św. Franciszka z Asyżu. W Kaplicy Najświętszej Marii Panny znajduje się obraz Matki Boskiej w Cudy Wielmożnej, wykonany w 1666 r. przez Marcina ze Śródki, w 1699 r. uznany za cudowny. 29 czerwca 1968 r., obraz został koronowany koronami papieskimi przez prymasa Stefana Wyszyńskiego, kardynała Karola Wojtyłę oraz arcybiskupa Antoniego Baraniaka. Prymas Tysiąclecia uznał wizerunek Matki Bożej za Panią Poznania. Naprzeciw kaplicy Najświętszej Marii Panny znajduje się kaplica św. Franciszka, w której umieszczone są obrazy przedstawiające św. Franciszka i św. Szczepana oraz figury św. Augustyna i św. Jana Ewangelisty.
W kościele znajduje się bogata kolekcja pochodzących z XVII-XVIII w. portretów, które wykonane zostały w lokalnych warsztatach. Na portretach tych uwieczniono m.in. Katarzynę Skrzetuską, Wojciecha Rydzyńskiego oraz ks. Wojciecha Zawadzkiego, gwardiana i inicjatora budowy kościoła i klasztoru.
Od 1997 r. klasztor i kościół poddawane są gruntownym zabiegom konserwatorsko-remontowym. W wyremontowanych podziemiach kościoła prezentowane są makiety dawnego Poznania - Gród Pierwszych Piastów i Poznań z XVII w.